Начавшаяся 22 июня 1941 года война круто сломала мирный уклад жизни. Движимый патриотическими чувствами, Яков Исидорович прочитал десятки лекций для солдат и матросов.
Он разрабатывал несколько тем, касавшихся, в основном, умению ориентироваться на местности, что должно было пригодиться в ходе боевых действий. Вместе с тем он продолжал и литературную деятельность. Но голод и холод блокадного Ленинграда медленно подтачивал силы пожилого человека.
18 января 1942 года на дежурстве в госпитале скончалась от истощения Анна Давидовна Каминская-Перельман. Яков Исидорович пережил ее на два месяца.
16 марта он также скончался от голода в осажденном Ленинграде.
Выдающийся, без преувеличения сказать, популяризатор математики, физики и астрономии Яков Исидорович Перельман написал 47 научно-популярных, 40 научно-познавательных книг, 18 школьных учебников, около 1000 научных статей.
Среди них книги, пожалуй, по всем отраслям математики, написанные в познавательной форме, а также:
Развлечения со спичками и многие другие издания, которые с увлечением читала и продолжает читать подрастающее поколение.
Путевку в жизнь Перельману дал журнал "Природа и люди".