На 76-м году жизни, 5 января 1938 года, П. П. Сойкин скоропостижно скончался от паралича сердца. Он похоронен в г. Пушкине на Кузьминском кладбище.
Этот день был очень морозным, но в последний путь видного книгоиздателя и прекрасного человека провожали сотни людей. В последний путь издателя провожали В. Я. Шишков, Н. А Морозов, Я. И. Перельман, Я. Брейтман, Ф. Ю. Левинсконг-Лессинг, П. Н. Штейнберг, его друзья и почитатели.
В «Красной газете» (7 января 1938 года) был помещен некролог: "В ночь на 5 января скончался от паралича сердца на 76-м году жизни известный издатель Петр Петрович Сойкин. П. П. Сойкин издавал до революции популярно-научные журналы «Природа и люди», «Знание для всех», а также ряд агрономических журналов. Как особую заслугу Сойкина следует отметить издание им легального марксистского журнала «Научное обозрение», в котором принимали участие В. И. Ленин, Г. В. Плеханов, Вера Засулич, шлиссельбуржец Н. Морозов и другие. За заслуги в области издательско-просветительской деятельности П. И. Сойкин получал персональную пенсию".
Через три месяца в далекой Казани скончался крупнейший советский медик, профессор кафедры акушерства и гинекологии Казанского университета Виктор Сергеевич Груздев. Так в один год ушли из жизни основатели лучшего дореволюционного научно-популярного еженедельника “Природа и люди”.
После войны место захоронения Петра Петровича было найдено ориентировочно. Ориентирами послужили могилы царскосельского архитектора В. И. Неелова, героя русско-турецкой войны Н. П. Святского - «поэта-страдальца, писавшего зубами и 40 лет неподвижно лежавшего» (написано на его надгробии) и место разрушенной в войну кладбищенской церкви (в наши дни на ее месте находится деревянный крест).
В 1977 г. на его могиле была установлена скромная стела, поставленная местным отделением активно действовавшего тогда Всесоюзного общества охраны памятников истории и культуры (ВООПИиК), председателем исторической секции которого был краевед А. М. Ионов (1910—1987).
В более поздние годы в эту могилу было подхоронение, о чем говорит надпись на плите внизу слева: «Лидия Александровна Иванова-Сойкина. 5.04.1905 - 21.10.1982» (мать внучки П.П. Сойкина Валентина Леонидовна Сойкина).